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一架私人客机穿越在滚滚乌云中，里面是Lara和她的母亲，飞机剧烈震动，受到云层强烈气流的冲击，失去了控制，飞机左引擎燃烧起来。母亲将二人安置在座位上。左引擎失去动力，右侧引擎无响应，升降舵卡住……飞行员的努力全是徒劳，飞机直冲了下去……
第一章 南美——玻利维亚
第二章 南美——秘鲁
第三章 亚洲——日本 东京
第四章 西非——加纳
第五章 中亚——哈萨克斯坦
第六章 欧洲——英格兰
第七章 亚洲——尼泊尔
第八章 重返玻利维亚
附加关卡 克劳馥庄园
南美——玻利维亚
一片高耸入云的山峰陡崖间，Lara抓住崖壁逐步攀岩，她的通讯器中传来了助手泽普的声音，随后阿利斯特也从佛罗伦萨返回，看来他的论文没有得到多大的褒奖。他问Lara到玻利维亚作什么，Lara没有回答，她矫捷地飞身一跃，抓住悬崖的边缘，这时她才回答：“攀岩。”再次攀上时，通向神庙的峡谷已在眼前。
原来Lara得到了一个朋友的消息，说传闻附近的一座神庙中发现一个石坛，那东西引起了Lara的兴趣。首先抵达眼前正前方粗石柱的后面得到铜匕首（1/10），之后从溪流另一侧攀上高处，在里面瀑布水潭边的小凹地中可找到另一铜匕首（2/10），岸边的小石块可随意踢动（无实际意义）。跳入水潭，游到对面上岸，跳攀上高台，推下挡路的大石块，并跳到对面石台上，沿崖壁笔直的藤条爬上，到顶端向右跳抓另一藤条，再向右跃至更高的高地。继而跳抓住空中的藤条，此时的目标不是前方瀑布后的洞口，而是此时左侧没有瀑布的另一洞口，摆荡跃进，打开小探照灯深入探索，在里面会找到一枚银匕首（1/5），之后跳至下层洞中，左转（右转会回到刚才的藤条处），从洞口出到外面，冲跳攀上眼前的高地，跳抓住崖壁的岩隙向左侧移动，过两处拐角，抵达大瀑布峡谷。
向前探索，一巨大石球迎面滚来，立即到右前方角位躲过，继而向前，跳抓住左侧的木枝，双臂回环跃至前方更高的木枝，最后再次双臂回环跃抓住小瀑布左侧高地的边缘，并向右跃过抓住瀑布右侧高地边缘，第一个敌人守卫出现，攀上去轻松解决他。沿瀑布的溪流向前探索，来到一棵倾斜的断树处，先得到旁边的铜匕首（3/10），之后利用断树的最高端跳攀至上方的平台，把大石块推下去，砸到倾斜断树的高端，使其另一端被撬起，这时就可以跳回到断树上，跳抓住断树上的木枝，双臂回环跃至前方高地并抓住其边缘，攀上去。走到前方，发现入口被一个带图案的大石盘挡住，于是抛出抓勾吸住石盘，用力拉出，便可进入。
在里面解决两名守卫（建议解决他们，因为之后不被他们发现几乎是不可能的），到达尽头，跳抓住岩隙，向左侧移动至角位（如中途崖壁塌陷，可重新攀上，并跃过断处抓住角位），转身跳抓住身后木杖，双臂回环跃抓住下一岩隙，向左移动过一个拐角，并跃过抓住最深处的岩隙，继而原地跃攀向上一层的高地。这时发现已抵达峡谷的稍高处，眼前有一藤条悬于空中，利用它摆荡跃至对面瀑布后的长平台，在里面的左侧角落又可得到一枚铜匕首（4/10）。沿瀑布后的此平台来到峡谷另一侧，依次利用两根木杖做两次双臂回环跃，最终攀上对面最高的高地。
干掉一名守卫，来到刚才经过的峡谷上方，由于峡谷很宽，Lara自身是跳不过去的，于是向前跳至空中时，立即抛出抓勾，可吸住顶端的金属物体，以便摆荡到对岸。继续向里，会清楚地发现左墙临近角位的高处有一铜神像，可位置太高，根本攀不上去，于是抛出抓勾取之（5/10）。出洞口发现多名守卫也刚刚抵达这里，面对眼前的大斜坡，先枪击眼前有黄色叹号的石堆，使石堆滚下，砸死坡底的几名守卫，之后滑下斜坡，到底端径直进入正对面的小巷，得到铜匕首（6/10），出来后一直沿着右侧石壁探索，如有剩余守卫，亲手解决，并在最深处又可找到铜匕首（7/10）。之后从另一侧高地利用空中的藤条摆荡跃至对面的大斜坡前，在坡顶枪击远处带黄色叹号的石柱，砸死几名守卫，滑下斜坡，就可到达神庙入口，在这里和众多守卫展开一场激战，注意攻防结合，多利用石垒躲避，全解决后补充装备，如果不甚落入下方（铜神像7处），可再次以相同路线重新抵达神庙入口。在准备进入神庙前，攀上神庙入口石级左侧的第二级大阶梯，这里有一堵不牢固的墙壁，掏枪击碎之可得到一枚银匕首（2/5）。
走上神庙前的阶梯，又有两名守卫前来阻拦，他们撤退进入神庙，却随着沉闷的机械声音，发出了惨叫。进入神庙，小心地用小石块探路（踢动），会发现前方的地上是会向两侧展开的活地板，于是向前跳至空中时，立即抛出抓勾，吸住顶端的金属物体摆荡到对面。沿路探索，在左侧角位有一条小巷，进入是一个狭窄的小厅，里面有一枚铜匕首（8/10），得到后返回，继续探索。这里有主要的三条铁链垂直于此，先从中间的铁链爬上去，到中央位置（结块下）反身跳抓住最外侧的铁链（此铁链会向下移动），立即向上继续爬，在结块下降到达之前再次反身跳抓住中央铁链结块之上的部分，这时可看到高墙上的入口，对准方向并反身跳至那里，抵达另一侧的洞窟，跳抓住这一洞窟中央的铁链，滑下至地面。来到一水潭前，潜入水中游向深处，大约在大拐角处的上方，有一个空间可停留换气，在这里可得到铜匕首（9/10），再次入水，游至金色发亮的水域，在那里上岸。沿路走到拐角位置，立即举抢尽快杀死一只扑扑来的美洲豹。向里探索，伺机通过第一处巨大的石门机关，来到第二和第三处巨大的石门机关前，移动身边角落的方形铁笼，以推动铁笼方式安全通过第二处石门机关，并伺机通过第三处石门机关，最终进入一个空旷的巨大洞厅。
这里的一半是岸，岸上中部向前延伸（以延伸的尽头一端最高处作为A点），岸上的地面有三处方形键槽，当有物体压于此，便会改变洞厅内的一些机关，只有三处键槽同时被压住，对面的大门才会开启，，这里另一半是个半干涸的半环状池子，在池子中左侧有一座跷跷板式的岩石。首先在大厅中右后方角落石台上得到铜匕首（10/10）。之后跳下池子，再立即攀上来，便可在岸上找到池子中的美洲豹，在上面干掉它很安全。再次抵达池子中，将巨石跷跷板下的铁笼拉出，跷跷板的这一端会降下（同时另一端会升起），把铁笼推到刚降下的这一端上面，返回岸上的A点，跳到跷跷板升起的一端，便可将刚才的铁笼弹到岸上。之后，把池子中另一角落的铁笼亦移动于此，使用相同的方法把它也弹到岸上。此时岸上已拥有三个铁笼，分别把它们移动到三个键槽中（没有固定对应，可随意安置），中央的大门随即开启了。如有兴趣，此时可尝试寻找金神像：先将左右任意的一个铁笼移开键槽，此时中央的大门再次关闭，这时使Lara亲自站在刚移开的键槽上（充当铁笼），中央大门再次开启，注意这次当大门的底端上升到旁边最下端石块的3/4位置时，Lara立即离开键槽，此时大门会因齿轮的卡住而停在中间3/4的高度（不完全开启）。这时就可从大厅右后方的铁链攀到高处，继而跳抓住墙壁缝隙移动到另一侧，再利用横铁链悬荡到对面，再次利用岩隙，并最终抵达大门所在的高台。沿大门两侧（任一侧）的岩壁缝隙一直向上跳攀，在最高一条岩隙可跳抓住大门上的缝隙，继而向上跳攀，最终可抵达最顶端的平台（如果刚才大门升起的位置不对，这时就会因高度太大而无法抵达最顶端平台，需返回铁笼处再试），得到金匕首（1/1）。回到大门前，此时在这间大厅中的右侧（与刚在来这里经过的横铁链一端对称的另一端），也是可以过去探索的，那里有银匕首（3/5），取之后返回，接下来就可以进入大门了。
突然，脚下的活地板开始向两侧分开，Lara迅速冲向前方，在出现箭头时立即按下“向下”键，躲过旋转的涡轮，当再次出现箭头时立即按下“向上”键，跳过墙中的铡刀，干净利索抵达对岸。沿路探索，到达另一个大厅前（以面对大厅的方向参照为“北”），在此高处就消灭下面的一只美洲豹，之后以抓住边缘的方式落入下方，会发现落地旁的石壁中有一白色的石块（南墙中），于是把它向墙里推去，就可进入里面的密道，得到银匕首（4/5），出来后抵达东南角的高地，以向西侧的方向跳抓住立架的木枝，顺时针旋转90度，继续双臂回环跃抓住下一立架的木枝，逆时针旋转90度，继续双臂回环跃抓住下一立架的木枝，顺时针旋转90度，继续双臂回环跃抓住对面崖壁（北侧）的缝隙，并向右移动，从断口处跃到东侧，对准身后的另一立架的木枝，反身跃过来抓住，随木枝逆时针旋转90度，就可双臂回环抵达对面的高台上取得银匕首（5/5），之后可以任何路线返回刚才北侧断口的东侧，并抓住那里的崖隙，原位置跳抓住上一层的崖隙，就可以向左跃至断口上方的平台了。
沿路走，到达尽头。Lara拿出望远镜，看到峡谷对面的石坛。勾起了童年的回忆，因为眼前的东西和她小时候见过的一个非常相似：飞机坠毁之后，Lara和她的母亲并没有遇难，而是来到一处神秘的洞穴，发现了一个石坛，石坛中间的基座上插着一把剑，Lara按下剑，忽然开启了一个神秘的机关，宛如一面发光的镜子。Lara的母亲立刻把Lara拉到身后，上前察看。镜子中传来人声，Lara的母亲与对方对话着。忽然她大叫一声“不！”拔出了基座上的那把剑。突然之间，剑、镜子、Lara的母亲全都消失了。Lara孤独地离开了洞穴。
忽然传来了枪声。原来是拉特兰等人早已再次恭候，一番口舌之战过后，拉特兰架直升机准备撤离，留下一些守卫来“迎接”Lara。向前冲去，跳过直升机轰断的两处吊木桥断口，抵达岛上，并干掉所有的敌人。
Lara走到记忆中的时空之门的位置，望着神剑的石鞘，突然想起拉特兰刚才提起的熟悉的名字——阿曼达，这勾起Lara几年前的回忆，那是和几个同学一同去秘鲁探险的经历，除了Lara自己，几名同学全部遇难，其中就有阿曼达。怎么，难道阿曼达依然还活着？看来她一定和神剑有着一种未知的联系。
Lara决定到秘鲁去找到阿曼达，和她谈一谈……
